Para muchos viajeros, Amelia Island es un paraíso recién descubierto. Pero siglos de personas se han visto atraídos por sus playas tranquilas y exquisita belleza natural.
Según el folklore local y la evidencia histórica, indios Timucuan primera habitadas Amelia Island desde el año 2000 antes de Cristo. La gente Timucuan eran conocidos por los tatuajes corporales elaborados en amarillo, negro, azul y rojo.
La isla fue originalmente llamado "Isla de Mai" (Isla de mayo) por Jean Ribault, un líder de los hugonotes que aterrizó en Amelia Island en 1562. Se dice que cuando Ribault y sus tropas llegaron, fueron recibidos por los Timcuans y cestas dadas de las bayas. A pesar de que los españoles habían reclamado la zona en 1513, estos colonos franceses mostraron interés en la Isla para reclamar tierras para Francia y para refugiarse de la persecución religiosa y política dada a los hugonotes. Aunque Ribault y su compañía no se asientan en Amelia Island, otros hugonotes aterrizó en 1564. Esta segunda colonia construida Fort Caroline en el norte de Jacksonville, cerca de la desembocadura del río de San Juan. En 1565, las tropas españolas llegaron a la zona, mataron a los colonos franceses y recuperaron el territorio, que habían reclamado como sus propios años antes.
La llegada de estas tropas españolas condujo a la primera reinado español desde 1565 hasta 1763. Una misión llamada Santa María fue construida en el extremo norte de la isla de Amelia, en lo que ahora se conoce como la Ciudad Vieja. La misión fue creado para convertir los indios al cristianismo. En ese momento, el nombre original "Isla de Mai" se cambió a "Isla de Santa María".
En los años siguientes, los timucuanos de Amelia Island ganó el contacto con los europeos, y los asentamientos británicos en el norte de pronto tomó un gran interés en los puertos de forma natural profundas y los lugares estratégicos de la ruta comercial de la isla. Una vez más el nombre de la isla fue cambiado, esta vez para "Amelia", en honor de la princesa Amelia, hija del rey Jorge II. James Oglethorpe, el gobernador de Georgia, puso el cambio de nombre en su lugar en 1735. Los británicos cambió el nombre de la isla para "Amelia", pero la tierra no cayó en manos británicas hasta la Florida española fue cambiado para British Cuba en 1763 en un acuerdo en virtud del Tratado de París. Durante el dominio británico, Amelia Island era conocido como Egmont.
En 1783, el Segundo Tratado de París puso fin a la Guerra de la Independencia, y la Florida fue devuelto a España. En 1811 un inspector llamado George JF Clarke trazó la ciudad de Fernandina, nombrado en honor del rey Fernando VII de España. Los Patriotas de Amelia Island, un grupo independiente de civiles estadounidenses respaldados por el gobierno de los Estados Unidos, tomaron el control de la isla, expulsó a los españoles, y levantó la bandera americana. Al día siguiente, Amelia Island fue cedida a los Estados Unidos.